Em 2001 um incêncio destruiu parcialmente o segundo andar do prédio principal da Escola de Comunicações e Artes da USP. O Departamento de Comunicações e Artes foi completamente destruído, e os outros dois cursos que ocupavam o andar, Departamento de Cinema, Rádio e Televisão e Departamento de Biblioteconomia foram severamente atingidos.
A Biblioteca não foi atingida pelo fogo, mas pela água utilizada pelos bombeiros para debelar o incêndio. Felizmente, o acervo foi poupado. Perderam-se apenas alguns livros que estavam no balcão de empréstimo e não puderam ser recuperados.
A Biblioteca ficou fechada durante o período em que o prédio permaneceu interditado. Os funcionários que entraram no prédio juntamente com a equipe de limpeza encontraram a seguinte situação:
Concluída a limpeza e secagem das instalações, foram necessárias algumas medidas emergenciais.

Operação salvamento de livros molhados, executada em mutirão pelos funcionários da Biblioteca. Na foto, Carlos e Elisabete.

Sistema de contenção da água que continuou pingando do andar afetado por algumas semanas. Foto: Marina Macambyra.
Especialistas em conservação da Biblioteca Nacional, da Cinemateca Brasileira e da própria USP colaboraram com a Biblioteca na avaliação dos riscos e nas medidas de proteção do acervo. Os danos foram poucos, mas os funcionários não vão se esquecer tão cedo desses momentos de tensão e insegurança.